Como alguns "foristas" disseram, e muito bem, pela explicação que deu só mesmo construindo a casa e depois pedindo a alteração (sem garantia total que seja possível).
Dependendo do que queira aumentar, é mais fácil ou mais difícil aumentar a construção. Tem que deixar projecto e obra preparados para o "aumento". Só fiz uma coisa semelhante para um corpo de escritórios, que era todo em tijolo maciço, e deixaram-se os arranques no topo para prosseguir com o tijolo caso necessário. O acrescento (fora uma ligeira diferença na tonalidade do tijolo, porque um era novo e o outro tinha 5 anos ao sol) ficou muito bem (deixo esta nota somente como exemplo). Discuta isso com o seu arquitecto e verá que lhe indica uma boa solução.
tenha em atenção o que disse o AugstHill é que esse "expediente dos 40% tem sempre no fundo que respeitar os valores máximos) e já agora devia aprofundar no que é que se baseou a técnica da camara para lhe dizer ( de boca) que pode ir aos 200 m2. Pode é apos entrada ou aprovação do projecto inicial, "tentar" meter um projecto de alterações que se for indiferido, não poe em causa o projecto inicial.