Autonivelante é uma boa solução, mas se não foi pensado desde o inicio, ao ser colocada poderá não ter cota suficiente.
Tive o mesmo problema, e não consegui colocar autonivelante, pois com o acréscimo de uns milímetros criava dificuldades da abertura das portas e transição para o cerâmico.
Não coloque nada, o instalador do flutuante é que tem que dizer como garante o trabalho. Até pode só colocar corticite por exemplo se tiver esse aspeto mas estiver planimetria correta
Quando comprei a minha casa em 2008, que foi construída em 1984, tinha na casa toda alcatifa, menos na cozinha e WC. Tirei a alcatifa e os restos de cola, o que deu muito trabalho. Por baixo tinha um pavimento nú e completamente desnivelado, nalguns locais estava mais alto que outros. Coloquei pavimento flutuante, sendo que antes de colocar o flutuante pus uma película de um material tipo esponja; não me lembro o nome, com cerca de 2mm. Ficou bem e não se nota os desníveis. No +1, coloquei pavimento vinifico autocolante, que tb resultou bem. O problema maior foi ter de cortar as portas por baixo, cerca de 5mm com a ajuda de uma plaina automática devido á altura que o flutuante acrescenta e fazer recorte nas molduras da porta porque coloquei o flutuante continuo sem quebrar entre as divisões. Tive tb que retirar os rodapés e tornar a colocá-los e fazer a transição entre o flutuante e as partes que não têm flutuante. Entretanto, em cerca de 12 anos apareceram no mercado mate raiais novos que podem valer a pena explorar. Talvez usar material vinilico que é mais flexível e adapta-se melhor aos desníveis se bem que costuma ser mais caros.