Boa questão. Suporte isso com um aditamento e registe a alteração contratual no PF alterando o valor. Com isto não terá qualquer problema, ainda por cima liquidou IS sobre o valor superior.
Outra hipótese: acabar com o atual contrato e registar um novo. Implicação: voltar a pagar o imposto de selo - 10% sobre o valor da nova renda.